War Großbritannien bereit, den Status quo zähneknirschend zu akzeptieren, so duldete es nicht dessen Revision im Sinne Frankreichs. Genau diese aber folgte, als Paris Italien weiter besetzt hielt und seit Anfang 1803 Einfluss auf Deutschland gewann. Zudem schiffte Napoleon Truppen in die Karibik ein und schmiedete neue Pläne zur Eroberung Ägyptens. Um seinem weiteren Ausgreifen in Europa, Ost- und Westindien vorzubeugen, erklärte Großbritannien Frankreich im Mai 1803 den Krieg.
Trafalgar
Napoleon wollte diesen durch eine Landung auf den britischen Inseln schnell zu seinen Gunsten entscheiden. Dazu ließ er seine Schlachtflotte gründlich überholen. Auch gewann er durch den Ende 1804 erfolgten Kriegseintritt Spaniens dessen Schiffseinheiten dazu: Den 67 Linienschiffen des französischen Kaisers standen nur 53 britische gegenüber. Um dies auszunutzen, befahl Napoleon für Anfang 1805 das Übersetzen der 200.000 bei Boulogne zusammengezogenen Soldaten. Die Flotten von Brest, Toulon und Cartagena sollten sich in Westindien vereinen und von dort gemeinsam in den Ärmelkanal segeln. Allerdings misslang der französischen Atlantikflotte der Ausbruch. So wurden die beiden anderen Verbände nach Brest befohlen. Allerdings glaubte sich deren Kommandeur einer überlegenen Streitmacht gegenüber zu stehen, verweigerte den Befehl und verbarrikadierte sich in Cadiz. Als die französisch-spanische Flotte dann im Oktober 1805 den Hafen verließ, wurde sie von den Briten am Kap Trafalgar aufgerieben. Eine Landung in Großbritannien kam damit nicht mehr in Frage.
Französischer Kreuzerkrieg
In der Erwartung, dass die Flotte von Brest nach Trafalgar keine offensiven Aktionen wagen würde, zog die britische Marineführung ihr dortiges Blockadegeschwader im Winter 1805/06 zurück. Die Franzosen nutzten diese Chance, um ihre Basis zu verlassen und den Kreuzerkrieg in die Karibik und den Südatlantik zu tragen. Dies endete mit gemischten Ergebnissen: Das Karibikgeschwader wurde im Februar 1806 vor St. Domingo versenkt. Das auf der Rückfahrt ins Mutterland befindliche französische Ostindiengeschwader, welches seit 1803 von Mauritius aus Kaperfahrten in den Golf von Bengalen sowie ins Südchinesische Meer unternommen hatte, wurde im März im Südatlantik aufgerieben. Lediglich das Südatlantikgeschwader konnte erfolgreich Jagd auf britische Handelsschiffe machen und Frankreich im Herbst 1806 wieder anlaufen. Währenddessen versuchten die Briten, die um Afrika verlaufenden Handels- und Kommunikationswege in ihre Hand zu bekommen. Im Januar 1806 besetzten sie Kapstadt, ein im Frühjahr 1807 unternommener Versuch zur Okkupation Ägyptens scheiterte aber.
West- und Ostindien
Die Entscheidung zur See fiel dann im Frühjahr 1809, als die französische Atlantikflotte mit Ziel Martinique erneut auslief. Die Briten drängten sie aber nach Rochefort an der Garonne-Mündung ab und stellten sie dort zum Kampf. Dabei wurde die Flotte von Brest so schwer getroffen, dass sie als militärischer Faktor ausfiel. Nun konnte London auch den französischen Handelskrieg in West- und Ostindien durch Wegnahme der dortigen Kolonien beenden: Im Februar 1809 fielen in Westindien Martinique sowie Französisch-Guayana. Mitte des Jahres folgten Santo Domingo und im Januar 1810 auch Guadeloupe. In Ostindien wandten sich die Briten gegen Mauritius, welches nach einer längeren Belagerung im November 1810 kapitulierte.
Auftakt zur Kontinentalsperre
Derweil hatte Napoleon auf dem europäischen Kontinent Österreich, Russland und Preußen nacheinander aus dem Felde geschlage. Im Zuge dessen besetzte er neben Kurhannover auch Hamburg, Bremen und Lübeck. Durch deren Besitz konnte er versuchen, den Europahandel Großbritanniens zu unterbrechen. Wäre ihm dies gelungen, hätte er London zum Frieden zwingen können. Diese als Kontinentalsperre bekannt gewordene Gegenblockade wurde im November 1806 aufgenommen. Sie sollte zunächst nur den britischen Warenaustausch mit Frankreich, Spanien, den Niederlanden, Deutschland und Italien durchschneiden.
Freilich ergab sich schon bald die Gelegenheit, sie auf den für den Nachschub für die Royal Navy so wichtigen Ostseeraum auszudehnen: Durch den Tilsiter Frieden von Mitte 1807 wurden Preußen sowie Russland in die Kontinentalsperre einbezogen. Auch konnte Dänemark als französischer Bundesgenosse gewonnen werden. Das zunächst renitente Schweden geriet dann durch die Wahl des Marschalls Bernadottes zum Thronfolger Anfang 1810 in den französischen Orbit. Trotz dieser Erfolge gelang es Frankreich aber nicht, Großbritannien aus dem Baltischen Meer auszusperren. So erklärten dessen Anrainer London zwar wie von Paris gefordert den Krieg, verzichteten aber überwiegend auf militärische Maßnahmen gegen das Vereinigte Königreich. Auch führten sie den Handel mit ihm auf Schmuggelbasis fort.
Die Kontinentalsperre scheitert
Der nächste Fehlschlag erwartete Napoleon auf der Iberischen Halbinsel. Hier hatte er zwar Ende 1807 das widerständige Portugal in die Kontinentalsperre genötigt, sah sich aber im benachbarten Spanien ab Mai 1808 einem antifranzösischen Aufstand gegenüber. Da dieser rasch in einen Guerillakrieg überging, konnte er nicht niedergeworfen werden. Von Lissabon und Cadiz, welche die Franzosen nicht erobern konnten, durch die Briten unterstützt, band er starke napoleonische Truppenverbände. Diese fehlten dann an anderer Stelle, wo sie die Gegenblockade hätten durchsetzen können.
Die napoleonische Gegenblockade krankte auch in Deutschland und Italien daran, dass Frankreich diese Regionen nach dem Verlust seiner Flotte nicht gegen die von Helgoland und Malta operierenden Schmuggler absperren konnte. Um dem abzuhelfen, begann das Kaiserreich seit 1808 mit der Annexion weiter Teile Nord- und Mittelitaliens, der Niederlande, Nordwestdeutschlands und Kataloniens. Diese Maßnahmen stießen jedoch ins Leere, als da sich die hier eingesetzten französischen Truppen als äußerst bestechlich erwiesen. Im Gegenzug wurde die britische Seeblockade immer drückender, so dass Frankreich 1810/11 in eine schwere Wirtschaftskrise geriet.
Der Pariser Frieden von 1814
Um der wirtschaftlichen Erdrosselung zu entgehen, wollte die französische Regierung Großbritannien in seinen ostindischen Besitzungen treffen. Ein solcher Angriff benötigte aber die Unterstützung Russlands. Dies musste nach Lage der Dinge, das Zarenreich war am Silvestertag 1810 aus der Kontinentalsperre ausgetreten, militärisch erzwungen werden. Der von Napoleon in der zweiten Jahreshälfte 1812 gegen Moskau unternommene Feldzug endete aber in einer Katastrophe.
So konnte der französische Kaiser nicht verhindern, dass sich Russland, Preußen, Schweden und Österreich zu einer neuerlichen von Großbritannien finanziell unterstützten Allianz zusammenschlossen. Diese vertrieb Napoleon aus Deutschland, Italien, den Niederlanden und von der Iberischen Halbinsel. Damit verschärften sich die Wirkungen der britischen Seeblockade gegen Frankreich weiter. Das napoleonische Empire kämpfte dennoch weiter, konnte aber nicht verhindern, dass die Verbündeten im April 1814 in Paris, Bordeaux und Toulouse einrückten. Mit dem nun folgenden Sturz Bonapartes endete auch der britisch-französische Seekrieg.
Im daran anschließenden Frieden von Paris musste Frankreich Mauritius, St. Lucia sowie Tobago an Großbritannien abtreten und dessen Besitz von Malta anerkennen. Im Gegenzug gab London Guadeloupe, Martinique, Französisch-Guayana und die französischen Besitzungen auf dem indischen Subkontinent an Paris zurück. Santo Domingo fiel wieder an Spanien, die Niederlande wurden samt ihren Kolonien restituiert.